明石市は、東経１３５度、日本標準時子午線上にあり、瀬戸内海に面しています。明石海峡をはさんで淡路島を眼前に望むことができます。気候は温暖で、古くは万葉歌人柿本人麿によって多くの歌が詠まれた風光明媚な地です。また、阪神都市圏と播磨臨海地域、そして海を隔てて淡路・四国と結ぶ位置にあり、海陸交通のうえで重要な拠点となっています。

現在、市域の面積は４９．２５ｋm²で、１５．９ｋｍの海岸線を有する帯状の市域を形成しており、南北の最長距離は９．４ｋｍです。地形的には、市域の大部分が平坦で起伏が少なく、最も高い地点で、９３．９ｍであるため、市内を流れる河川もほとんどが小規模河川です。このうち最も大きなものが明石川で、その東方に朝霧川、西方に谷八木川、赤根川、瀬戸川等の小河川が市域を南北に流れ、明石海峡から播磨灘に注いでいます。
その他、市内には１１１のため池（平成１３年４月現在）が存在し、面積当りのため池の数は全国的にみても多いですが、近年は埋め立てられ、減少傾向にあります。